Знаменитый путешественник и ученый П.П. Семёнов Тянь-Шанский, искавший в 1856 году на северо-восточном берегу Иссык-Куля в Курментинской бухте монастырь армянских братьев, высказал мнение, что тот ушел под воду при затоплении береговой линии. Это мнение наложило отпечаток на все дальнейшие поиски. Начиная с 1992 года Среднеазиатской епархией Русской православной церкви и позже в 2003 и 2004 годы международной архео­логической экспедицией Кыргызско-Российского Славянского университета и Национальной академии наук с участием аквалангистов предпринимались неоднократные попытки поиска легендарного монастыря. Как результат под водой было зафиксировано более десятка памятников, а на суше - до сотни, относящиеся к двум древним цивилизациям - сако-усуньской (I тыс. до н.э.) и тюрко-согдийской (втор. пол. I тыс. н.э. - перв. пол. II тыс. н.э.). В итоге внимание ученых было сосредоточено на северо-восточном побережье Иссык-Куля.

Здесь в 2005 году рядом с Курментинским городищем был найден пещерный катакомбный храм, принятый предположительно за монастырь армянских братьев. Со дна были подняты христианские артефакты. Под водой найдены стены древнего города Чигу, бывшего более двух тысяч лет назад столицей кочевого владения усунь, и сделаны замечательные находки бронзовых предметов и оружия.

Здесь же в районе Курменты в 1881 году было освящено место и построен Свято-Троицкий православный монастырь. Как говорится, «свято место пусто не бывает». Но действительно ли северо-восточный берег Иссык-Куля является местом расположения армянского монастыря? Начну с Каталанской карты, созданной в 1375 году. На ней дано изображение монастыря и написано: «Это место называется Ysicol. В этой местности расположен монастырь армянских братьев, где, как говорят, находятся останки Св. апостола и евангелиста Матфея». На более позднем ее аналоге, созданном около 1450 года, имеется несколько иная надпись: «Этот монастырь принадлежит монахам, которые хранят останки св. Матиаса и являются армянами», но Исикол не упоминается также как и «титулы» святого. Историк-востоковед Н.А. Аристов, видимо тоже изучавший Каталанскую карту, в книге «Усуни и кыргызы …» (1893) дал более подробное описание изображения:

…на каталанской карте нари­совано довольно длинное и низкое здание с двумя на концах большими и высокими башнями, поставленное не то на озере, занимая в таком случае весь его северный бе­рег, не то на высоком фундаменте, насыпи или горе. Вверху рисунка надпись Issicol и снизу Yssicoll. Подробная надпись такова: …«Место, которое называется Иссиколь. В этом месте есть один монастырь братьев армян, в котором есть, говорят, тело святого Матвея, апостола и евангелиста». … Так как составители каталанской карты назвали Иссык-Куль «местом», урочищем, то надо полагать, что они не знали, что это название озера.

На северо-западном побережье озера действительно был средневековый город Сикуль (Исиколь) современный Тору-Айгыр, стоявший на караванном пути, проходящем по северному берегу. Южная окраина города была скрыта под водами Иссык-Куля, а северная, оставшаяся на берегу, была безжалостно разнесена на постройки местными жителями. Археологами здесь отрыта гигантская кирпичная баня, пол которой был уложен глазурованной плиткой, сделанной в местных мастерских. При возможностях такого масштабного строительства не удивительно, если армянский монастырь имел две башни, как это изображено на карте. Не совсем понятно, почему  П.П.Семёнов Тянь-Шанский считал, что Курментинская бухта больше подходит для монастыря, чем Торуайгырская. Тем более что на каталанской карте есть две надписи Issicol и Yssicoll, одна из которых, наверное, относится к месту (т.е. городу), а другая вероятно к озеру. В общем-то, мысль нахождения монастыря на северо-западном берегу не нова, она уже высказывалась ранее другими исследователями. Но почему бы не вернуться к более детальному подводному и наземному целевому изучению Тору-Айгыра, в поисках основания стен культового строения. А находки в Курментинской бухте могут относиться совсем к другому христианскому культовому комплексу, которых на побережье озера могло быть несколько.

Нельзя с уверенностью сказать и то, что монастырь ушел под воду. Совсем не обязательно, что он был построен на самом берегу. Его с таким же успехом можно искать и вдали от города, ближе к горам. Дело в том, что монастырь - религиозная община монахов, соблюдающих церковные обеты, и имеющая единый устав. Монастыри строились чаще всего на возвышенностях, но встречаются и на равнинах, вблизи озер, рек или в лесах, в горных ущельях, пещерах, вблизи сел, городов или на значительном удалении от них. Сердцем любого монастыря была церковь. Вблизи нее строились хозяйственные и жилые помещения (кельи). Уже на первой стадии сложения монастыря он обносился стеной (оградой), иногда с башнями. Но невозможно сказать, воспроизведено ли строение с башнями на каталанской карте по рассказу очевидца, или картограф нанес на лист привычный для него вид европейского монастыря. По этой причине не стоит слишком принимать во внимание это изображение.

Интерес для поиска руин монастыря представляют выположенные возвышенности, ровные участки местности возле родников или в устьях рек. Чистая питьевая вода была необходима для жизнедеятельности общины. Также было необходимо топливо и продукты питания. Если монахи ловили рыбу в Иссык-Куле, то они сильно завесили от озера. Они также могли иметь свои поля и сады. Но основными элементами поиска являются, конечно, ограда и храмовая постройка, которая всегда делалась более капитальной, поскольку это был Дом Господень.

Также, поскольку речь идет об армянском монастыре, здесь вероятно должны быть хачкары – крупные поклонные камни-кресты. Это неотъемлемый старинный атрибут армянской религиозной культуры. Крест, выбитый на хачкаре, называют «цветущим» за своеобразный вид с проросшими ответвлениями, уширенными оконцовками и ленточным обрамлением. Находка хачкара на берегу или под водой в Иссык-Куле, возможно, была бы самым точным определением места расположения армянского монастыря.

Но самым главным объектом поиска, вокруг которого развивается вся научная интрига, является, конечно, общехристианская святыня – мощи евангелиста Матфея. Откуда-то выплыло, что его останки покоятся в серебряной раке, хотя в исходном источнике, каталанской карте, нет ни единого слова об этом. Согласно «Житиям святых» (хотя это источник исторически недостоверный), мученическую смерть апостол принял в Азиатской Эфиопии (Эфиопия Понтийская или Колхида). После сожжения останки святого были помещены в железный ковчег (ящик), запаянный оловом.

Известно, что на сегодняшний день основная часть мощей святого находится в итальянском городе Салерно, где они в 1081 году были помещены в крипту (подземелье, тайник) после освящения храма. Частицы мощей находятся в Риме в церквях Косьмы и Дамиана, Божьей матери, Святой Пракседы, святителя Николая и в церкви святых двенадцати апостолов. На Иссык-Куль, скорее всего, могло быть доставлено не тело святого, а только его часть, или частица. Затем в монастыре обретенная святыня могла быть помещена в раку (ковчег - аналог гроба) или в небольшая раку, называемую ковчежец. Привезенной на Иссык-Куль святыней мог быть даже крест-мощевик, подобный найденному в развалинах Тарсакента - средневекового христианского селения, располагавшегося на месте нынешнего Бишкека.

Находка мощей апостола Матфея на Иссык-Куле будет равносильна чуду! Невозможно представить, чтобы монахи не берегли столь значимую святыню как зеницу ока. Даже если монастырь стоял на берегу озера, то он очутился в воде не моментально, а в результате медленного затопления берегов. Мощи можно было успеть перенести в другое место. Колебания уровня Иссык-Куля в настоящее время достаточно хорошо изучены гидрологами. На озере не было катастрофических потопов, в результате которых моментально исчезали бы под водой целые города.

Если же монастырь стоял вдали от берегов и утратил свое значение в период упадка городов  Прииссыккулья и Чуйской долины при монголо-татарском завоевании, то все равно, главная святыня вряд ли могла быть брошена на произвол судьбы. Но где и как были укрыты мощи апостола, остается пока исторической загадкой.